牛頭山水庫管理中心為自收自支正科級事業單位，組建于1985年5月。設中心黨委，黨委下設機關、水情調度科、渠道服務站、生態環境科和老干部等五個支部；中心黨委現有黨委書記1名，黨委委員3名，黨員71人，其中退休黨員30人。水庫管理中心班子4人，下設有辦公室、人事教育科、工程管理科、應急管理科、水情調度科、生態環境科、水文站、渠道服務站等八個科室單位，下屬有水利建設發展有限公司。現有事業人員65人（其中外借水務集團5人），企業人員16人，退休人員51人。

牛頭山水庫管理中心主要工作職能：承擔臨海城區和大田平原10萬畝面積的防洪任務。承擔大田平原7.9萬畝、椒北平原28萬畝農田的灌溉保障任務。承擔水庫大壩等樞紐工程的日常運行管理任務。承擔臨海市區、東部沿海及南部等人民群眾的集中式飲水保障任務。承擔牛頭山水庫庫區范圍內的生態環境保護任務。完成市委、市政府交辦的其他任務。